C60 có hai phần chính, một để sửa đổi công thức cấu trúc và một để xem mô hình 3D. Ba thanh công cụ quanh phần sửa đổi công thức cấu trúc chứa các công cụ bạn có thể sử dụng. Khi đã vẽ xong một phân tử, bạn có thể nhấn vào nút 2D sang 3D để chuyển đổi phân tử thành một mô hình 3D được hiển thị trong phần xem. Bên dưới là danh sách tất cả các công cụ vẽ.

Thanh công cụ trên

• Thùng rác: xóa toàn bộ bản vẽ
• Cục tẩy: xóa nguyên tử, liên kết hoặc vùng chọn hiện tại
• Đảo lại / làm lại: đảo lại hoặc làm lại các thay đổi gần đây
• Công cụ chọn: tất cả các công cụ này có thể được sử dụng để kéo vùng chọn hiện tại hoặc các nguyên tử và liên kết riêng lẻ. Bạn có thể thêm / xóa nguyên tử và liên kết vào / khỏi vùng chọn bằng cách nhấn vào chúng. Nếu bạn đã chọn một đoạn tách rời, bạn có thể quay nó bằng cách kéo một nguyên tử trong vùng chọn. Bạn có thể xóa vùng chọn sử dụng phím DEL hoặc công cụ cục tẩy. Mỗi công cụ có ứng xử khác nhau cho nút chuột phải:
  • Kéo: di chuyển toàn bộ phân tử (bạn có thể đã sử dụng nút chuột trái cho thao tác này)
  • Chọn theo hình chữ nhật: chọn nguyên tử và liên kết sử dụng một vùng chọn hình chữ nhật
  • Chọn theo thòng lọng: chọn nguyên tử và liên kết bằng cách vẽ một vùng chọn thủ công
• Chế độ màu: hiển thị nguyên tử và liên kết sử dụng màu sắc
• Chế độ đầy đủ: hiển thị tất cả các nguyên tử C và H thay vì hiển thị khung
• Căn giữa: căn giữa toàn bộ phân tử
• Dọn dẹp: dọn dẹp công thức cấu trúc sử dụng một dịch vụ bên ngoài
• 2D sang 3D: chuyển đổi công thức cấu trúc thành một mô hình 3D

Thanh công cụ trái

• Liên kết: chọn một trong các kiểu liên kết (đơn, đôi, ba, lên, xuống) và thêm hoặc sửa đổi liên kết
• Đoạn: chọn một trong các đoạn (benzen, cyclopropan, v.v...) và thêm đoạn
• Chuỗi: tạo một chuỗi các nguyên tử cacbon
• Điện tích: tăng (+) hoặc giảm (-) điện tích của nguyên tử

Thanh công cụ phải

Trong thanh công cụ này bạn có thể chọn từ một số nguyên tố, bạn cũng có thể chọn một nguyên tố từ bảng tuần hoàn sử dụng nút cuối cùng. Bạn có thể sử dụng nguyên tố để tạo các nguyên tử mới hoặc sửa đổi các nguyên tử đang tồn tại.

Bạn có thể tải phân tử từ các cơ sở dữ liệu lớn như PubChem và RCSB sử dụng thanh tìm kiếm nằm ở bên trái của thanh trình đơn. Chỉ cần gõ vào thứ bạn đang tìm, một danh sách các phân tử sẽ xuất hiện.

Bạn cũng có thể nhấn vào nút xổ xuống cạnh trường tìm kiếm để chọn một cơ sở dữ liệu riêng. Thao tác này sẽ thực hiện tìm kiếm rộng hơn trên cơ sở dữ liệu được chọn. Hiện tại, có ba cơ sở dữ liệu lớn được hỗ trợ:

1. PubChem
2. Ngân hàng dữ liệu protein RCSB
3. Cơ sở dữ liệu mở tinh thể học

Trình đơn Công cụ chứa một vài chức năng tiện ích được liệt kê bên dưới.

Liên kết

Bạn có thể nhúng hoặc chia sẻ một hóa chất, đại phân tử hoặc tinh thể sử dụng URL hoặc mã HTML được cung cấp. Chú ý rằng cấu trúc được liên kết là cấu trúc đang được hiển thị trong cửa sổ mô hình. Bạn cũng có thể sao chép URL từ thanh địa chỉ để liên kết đến cấu trúc hiện tại.

Xuất

Tùy chọn xuất:

• Ảnh công thức cấu trúc: ảnh chụp màn hình bản vẽ (PNG với kênh alpha)
• Ảnh mô hình 3D: ảnh chụp màn hình mô hình (PNG, kênh alpha với GLmol và ChemDoodle)
• Tập tin MOL: xuất một tập tin Mol MDL từ mô hình 3D (phân tử thông thường)
• Tập tin PDB: xuất một tập tin ngân hàng dữ liệu protein từ mô hình 3D (đại phân tử)
• Tập tin CIF: xuất một tập tin thông tin tinh thể từ mô hình 3D (cấu trúc tinh thể)

Thông tin

Chức năng này thu thập và hiển thị thông tin về công thức cấu trúc.

Phổ học

Chức năng này hiện một lớp mới ở đó bạn có thể xem phổ phân tử của công thức cấu trúc hiện tại (được tải từ bản vẽ). Chi tiết hơn được đề cập trong mục Phổ học.

Nguồn mô hình 3D

Chức năng này dẫn bạn đến trang web cho mô hình 3D hiện tại trên website cơ sở dữ liệu nguồn (trừ khi mô hình được phân giải sử dụng bộ phân giải định danh hóa học)

Tìm kiếm nâng cao

Các chức năng này cho phép bạn thực hiện một số tìm kiếm nâng cao trên cơ sở dữ liệu PubChem sử dụng công thức cấu trúc từ bản vẽ.

1. Tìm kiếm tương tự: tìm kiếm các hóa chất có công thức cấu trúc tương tự
2. Tìm kiếm cấu trúc con: tìm kiếm các hóa chất có cấu trúc hiện tại là cấu trúc con
3. Tìm kiếm cấu trúc cha: tìm kiếm các hóa chất có cấu trúc hiện tại là cấu trúc cha

Bạn có thể mở khung xem Phổ học qua Công cụ > Phổ học. Bạn có thể xem ba kiểu phổ phân tử.

1. Phổ khối
2. Phổ hồng ngoại
3. Dự đoán H1-NMR

Xuất dữ liệu

Bạn cũng có thể xuất các kiểu dữ liệu khác nhau từ phổ đang chọn.

• Ảnh PNG: ảnh chụp màn hình từ phổ tương tác
• Tập tin JCAMP: tập tin JCAMP-DX của phổ hiện tại

Trình đơn Mô hình chứa một số chức năng chung cho mô hình 3D.

Đặt lại

Chức năng này đặt vị trí, độ thu phóng và góc quay trở về mặc định.

Biểu diễn

Bạn có thể chọn từ danh sách các phép biểu diễn phân tử khác nhau bao gồm: bóng và thanh, thanh, hình cầu van der Waals, khung dây và đoạn thẳng. Các đại phân tử được vẽ tự động sử dụng dải băng.

Nền

Bạn có thể chuyển giữa nền đen, xám hoặc trắng. Nền mặc định có màu đen (ảnh xuất từ GLmol hoặc ChemDoodle có nền trong suốt)

Động cơ

Bạn có thể chọn từ ba động cơ vẽ khác nhau: GLmol, Jmol và ChemDoodle. GLmol được sử dụng làm động cơ vẽ mặc định. GLmol và ChemDoodle dựa trên WebGL, một công nghệ trình duyệt để hỗ trợ đồ họa 3D. Nếu WebGL không có trong trình duyệt của bạn, Jmol sẽ được sử dụng cho tất cả các thao tác vẽ.

C60 tự động chuyển sang:

1. Jmol nếu bạn thực thi chức năng từ trình đơn Jmol
2. GLmol nếu bạn tải đại phân tử (do hiệu năng cao hơn đáng kể)
3. ChemDoodle nếu bạn tải một cấu trúc tinh thể (GLmol không thể vẽ cấu trúc tinh thể)

Bạn có thể muốn chuyển trở lại GLmol khi bạn không cần Jmol hoặc ChemDoodle nữa do GLmol có hiệu năng tốt hơn.

Chú ý rằng các đại phân tử được vẽ hơi khác nhau với mỗi động cơ. ChemDoodle cung cấp hiển thị đẹp nhất. Tuy nhiên, bạn nên tránh sử dụng ChemDoodle cho các đại phân tử rất lớn.

Chuyển dạng mô hình

Bạn có thể quay, dịch chuyển và phóng to thu nhỏ mô hình 3D. Sử dụng nút chuột phải để quay, nút giữa để dịch chuyển (ngoại trừ cho ChemDoodle) và bánh xe cuộn để phóng to thu nhỏ. Trên các thiết bị chạm, bạn có thể quay mô hình bằng một ngón tay và phóng to thu nhỏ mô hình sử dụng hai ngón tay.

Tinh thể học

Bạn có thể tải một mảng các ô tinh thể (2x2x2 hoặc 1x3x3) hoặc một ô đơn vị duy nhất khi xem các cấu trúc tinh thể.

Sương mù và mặt cắt

Khi bạn xem các cấu trúc lớn như protein, ẩn một phần nào đó sử dụng sương mù hoặc mặt cắt có thể hữu ích. GLmol cung cấp một vài tùy chọn để thực hiện điều này.

1. Sương mù: bạn có thể di chuyển sương mù về phía trước bằng cách kéo chuột lên khi ấn giữ CTRL + SHIFT (kéo theo hướng ngược lại di chuyển sương mù về phía sau)
2. Mặt cắt: bạn có thể di chuyển một mặt cắt chính diện vào cấu trúc bằng cách kéo chuột về bên trái khi ấn giữ CTRL + SHIFT (kéo theo hướng ngược lại di chuyển mặt cắt về phía sau)

Trình đơn Protein cung cấp một số thiết lập hiển thị protein bao gồm các lược đồ màu và biểu diễn chuỗi khác nhau.

Hiện lắp ráp sinh học

Khi tải một cấu trúc protein, C60 hiện đơn vị bất đối xứng theo mặc định. Chức năng này cho phép bạn xem đơn vị sinh học đầy đủ.

Biểu diễn chuỗi

Bạn có thể chọn từ bốn phép biểu diễn chuỗi khác nhau. Bạn cũng có thể xem cấu trúc chuỗi đầy đủ bằng cách bật tùy chọn Liên kết.

1. Dải băng: vẽ lược đồ dải băng (biểu diễn mặc định)
2. Trụ và đĩa: trụ đặc cho xoắn ốc α và đĩa đặc cho tấm β
3. Ống hệ số B: ống với hệ số B làm độ dày (chuyển động nhiệt)
4. Vết C-alpha: đoạn thẳng giữa nguyên tử cacbon trung tâm trong axit amin (vẽ rất nhanh)

Phối màu chuỗi

Bạn có thể chọn từ sáu lược đồ màu chuỗi.

1. Cấu trúc thứ cấp: màu khác nhau cho xoắn ốc α, tấm β, v.v...
2. Phổ: phổ màu (cầu vồng)
3. Chuỗi: mỗi chuỗi có màu khác nhau
4. Residue: tất cả các residue axit amin được tô màu khác nhau
5. Phân cực: tô màu đỏ các axit amin phân cực và màu trắng các axit amin không phân cực
6. Hệ số B: xanh lam cho hệ số B thấp và đỏ cho hệ số B cao (nếu có)

Trình đơn Jmol cung cấp một số chức năng và tính toán thú vị chỉ cho Jmol.

Dọn dẹp

Dọn dẹp tất cả các phép tính toán và đo lường đã thực hiện.

Chất lượng cao

Bật vẽ chất lượng cao trong Jmol (bật theo mặc định trên các thiết bị nhanh). Khi tắt, chống răng cưa bị vô hiệu và mô hình được vẽ bằng các đoạn thẳng khi chuyển dạng.

Tính toán

Bạn có thể thực hiện các tính toán sau trong Jmol:

• Thế tĩnh điện phân tử bề mặt trong/đục: tính toán và chiếu thế tĩnh điện phân tử lên một bề mặt van der Waals trong mờ hoặc đục
• Điện tích: tính toán và chiếu điện tích nguyên tử làm nhãn văn bản và gradien từ trắng đến màu nguyên tử
• Phân cực liên kết: tính toán và vẽ các phân cực liên kết riêng lẻ
• Phân cực tổng thể: tính toán và vẽ phân cực liên kết tổng thể
• Cực tiểu hóa năng lượng: tính toán một phép cực tiểu hóa năng lượng MMFF94 (chú ý rằng chức năng này chỉ thực thi tối đa 100 bước cực tiểu hóa cùng lúc)

Đo lường

Bạn có thể đo khoảng cách, góc và độ xoắn sử dụng Jmol. Bạn có thể kích hoạt và hủy kích hoạt một trong các kiểu đo này qua trình đơn Jmol.

• Khoảng cách: khoảng cách giữa hai nguyên tử theo nm
• Góc: góc giữa hai liên kết theo độ
• Độ xoắn: độ xoắn giữa bốn nguyên tử theo độ

Chú ý rằng trong một số trường hợp, mô hình 3D được phân giải chỉ là một cách tiếp cận của phân tử thực, có nghĩa là bạn phải chạy Cực tiểu hóa năng lượng để thực hiện các phép đo đáng tin cậy.